Флаг органов национальной безопасности РК утверждён Указом Президента Республики Казахстан от 23 мая 1997 года № 3526, изменения - Указом Президента Республики Казахстан от 14 сентября 2012 года № 377 "О внесении изменений в указы Президента Республики Казахстан от 23 мая 1997 года № 3526 «О символах органов национальной безопасности Республики Казахстан» и от 30 сентября 2011 года № 155 «О ведомственных наградах некоторых государственных органов, непосредственно подчиненных и подотчетных Президенту Республики Казахстан, правоохранительных органов, судов, Вооруженных Сил, других войск и воинских формирований".

ОПИСАНИЕ флага органов национальной безопасности Республики Казахстан
Флаг органов национальной безопасности Республики Казахстан представляет собой прямоугольное полотнище василькового (синего) цвета с соотношениями сторон 2:3 (размером 1000х1500 мм). В центре флага размещено трафаретное изображение основных элементов эмблемы органов национальной безопасности Республики Казахстан золотистого (желтого) цвета диаметром 500 мм (1/3 по отношению к ширине флага) – стилизованная семиконечная звезда, в центре звезды малый щит с шаныраком.
Левая сторона прошита швом, позволяющим надеть флаг на древко, диаметром 32 мм и длиной 2000 мм. Наконечник древка имеет форму копья и выполнен из металла золотисто-желтого цвета. Высота наконечника 260 мм, ширина 110 мм. На копье закреплен витой шнур золотисто-желтого цвета с двумя кистями на концах. Длина шнура – 750 мм, длина кистей – 250 мм.

Источник - Cобрание актов президента и правительства РК

Семантика флага органов национальной безопасности Республики Казахстан
Васильково-синий цвет полотнища флага – традиционный цвет чести и верности, принадлежности к органам безопасности.
В центре полотнища флага нанесено изображение двойной семиконечной звезды (надежда и вера) с «шаныраком» (общность целей и ценностей народа с органами национальной безопасности).

Аппаратом Председателя КНБ Республики Казахстан разработаны т.н. "Методические рекомендации по применению и воспроизводству изображения символов органов национальной безопасности Республики Казахстан". Ими, в частности, предусмотрено при установки флага в открытом пространстве и на протокольных мероприятиях использование полотнища с соотношением сторон 2:3. Для установки в помещениях используется флаг с соотношением сторон 1:2, имеющий золотую бахрому. При изготовлении настольных флажков и автомобильных штандартов их лицевая сторона повторяет флаг органов НБ РК, а оборотная сторона представляет собой синее полотнище с изображением эмблемы органов НБ РК.

Источник - официальный сайт КНБ

Пограничные войска Казахстана в 2001 году подчинены Комитету национальной безопасности Республики Казахстан, с тех пор они называются "Пограничная служба КНБ РК".

Cимволы Пограничной службы, МВД, СОП и Республиканской Гвардии утверждены Указом Президента Республики Казахстан от 20 ноября 1996 г. №3228 "О воинских символах Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан, Министерства внутренних дел Республики Казахстан, Внутренних войск Министерства внутренних дел Республики Казахстан, Службы охраны Президента Республики Казахстан и Республиканской гвардии" Приложением к Указу являются описания соответствующих флагов, знамен и знаков.

Описание символа Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан
Символ Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан представляет собой круг зеленого цвета с вписанной в него правильной пятиконечной звездой изумрудно-голубого цвета. Диаметр звезды равен диаметру круга. В центре звезды располагается стилизованное изображение солнца, обрамленного лучами (элемент Государственного флага Республики Казахстан), выполненное в золотисто-желтом цвете. Круг и звезда окаймлены контуром золотисто-желтого цвета при этом окаймленные концы звезды выступают за контур круга. Контур круга составляет 0,75 контура звезды.

Описание флага Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан
Флаг Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан представляет собой трехцветное прямоугольное двухстороннее полотнище, разделенное по вертикали на три части. Боковые части флага - зеленого цвета, средняя - изумрудно-голубого цвета. В центре флага расположено стилизованное изображение солнца, обрамленного лучами, и парящего под ним орла (элементов Государственного флага Республики Казахстан) золотистого цвета. В верхнем левом углу флага с лицевой стороны и в верхнем правом углу с обратной стороны находится изображение правильной пятиконечной звезды золотисто-желтого цвета. Боковые и средние части отделены друг от друга полосами золотисто-желтого цвета. Соотношение общей ширины и длины флага - 1:2. Точное соотношение и размеры отдельных элементов флага даны в прилагаемом графическом изображении.

Описание военно-морских флагов кораблей и судов Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан
А. Кормовые флаги и вымпелы

1. Военно-морской флаг кораблей и судов Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан представляет собой полотнище зеленого цвета, имеющее в крыже изображение военно-морского флага Республики Казахстан. Отношение ширины флага к длине - 1:2. Размер военно-морского флага Республики Казахстан составляет 1/4 часть всего полотнища.
2. Вымпел кораблей Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан представляет собой узкую полосу зеленого цвета с косицей, имеющую у шкаторины изображение военно-морского флага Республики Казахстан. Отношение длины вымпела к ширине флага - 30:1 (на катерах 12:1). Длина выреза косиц равна 1/7 длины вымпела, растворение косиц - 1/2 ширины флага.
В. Флаги и брейд-вымпелы должностных лиц

3. Флаг заместителя Председателя Комитета национальной безопасности Республики Казахстан - Директора Пограничной службы представляет собой полотнище, разделенное по вертикали на две равные части: бирюзовую (у шкаторины) и зеленую. На бирюзовой половине полотнища изображен символ Государственного флага Республики Казахстан, на зеленой-звезда. Отношение ширины флага к длине - 1:2. Символ Государственного флага Республики Казахстан (золотые солнце и орел) по высоте равен 1/2 ширины флага и расположен по центру бирюзовой половины, звезда диаметром, равным 1/3 высоты ширины флага, - по центру зеленой половины полотнища.

4. Флаг Начальника Главного штаба Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан представляет собой полотнище, разделенное по вертикали на две равные части: бирюзовую (у шкаторины) и зеленую. На бирюзовой половине полотнища помещен символ Государственного флага Республики Казахстан, на зеленой - две звезды. Отношение ширины флага к длине - 1:2. Символ Государственного флага Республики Казахстан (золотые солнце и орел) по высоте равен 1/2 ширины флага и расположен по центру бирюзовой половины звезды диаметром, равным 1/4 ширины флага, расположены по центру четвертей полотнища на зеленой половине.

5. Флаг начальника морского управления Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан представляет собой полотнище зеленого цвета, имеющее в крыже изображение военно-морского флага Республики Казахстан. На вертикальной зеленой половине флага помещены две звезды. Отношение ширины флага к длине - 1:2. Размер военно-морского флага Республики Казахстан к крыже равен 1/4 всего полотнища. Звезды диаметром, равным 1/4 ширины полотнища, расположены по центру четвертей полотнища на зеленой половине.

6. Флаг командира соединения кораблей Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан представляет собой полотнище зеленого цвета имеющее в крыже изображение военно-морского флага Республики Казахстан. На вертикальной зеленой половине флага помещена одна звезда. Отношение ширины флага к длине - 1:2. Размер военно-морского флага Республики Казахстан равен 1/4 всего полотнища. Звезда диаметром, равным 1/4 ширины полотнища, расположена в центре вертикальной зеленой половины полотнища.
7. Брейд-вымпел командира соединения кораблей Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан представляет собой военно-морской флаг Республики Казахстан уменьшенного размера с коническим полотнищем зеленого цвета с косицами. Отношение длины брейд-вымпела к ширине флага - 5:1. Длина выреза косиц равна длине флага. Растворение косиц равно половине ширины флага.

В Указе № 3228 оговаривается также, что "... боевые знамена соединений и частей Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан ... по размерам, стилистике решения и материалам изготовления соответствуют боевым знаменам соединений и частей Вооруженных Сил Республики Казахстан, утвержденным Указом Президента Республики Казахстан от 18 июля 1996 г. N 3068 "О воинских символах Вооруженных Сил Республики Казахстан", но на обратной стороне полотнища, в его центре, взамен символа Вооруженных Сил Республики Казахстан вышивается соответствующий символ Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан ... , а по нижнему краю - наименование соединения, части Пограничной службы Комитета национальной безопасности Республики Казахстан ...;
Пограничная служба Комитета национальной безопасности Республики Казахстан ... в вопросах порядка хранения, содержания и выноса боевых знамен соединений и частей, а также знамен подчиненных органов руководствуются соответствующими положениями общевоинских уставов Вооруженных Сил Республики Казахстан.

Право Пограничной службы КНБ РК на флаг подтверждено Законом Республики Казахстан от 10 июля 2002 года №338 "О внесении изменений и дополнений в некоторые законодательные акты Республики Казахстан по вопросам Государственной границы Республики Казахстан":

1. Пограничная служба Комитета национальной безопасности Республики Казахстан (далее - Пограничная служба) предназначена для охраны и защиты Государственной границы Республики Казахстан, предупреждения и пресечения посягательств на суверенитет и территориальную целостность Республики Казахстан.
2. Пограничная служба имеет флаг, в том числе военно-морской, и опознавательные знаки, используемые Вооруженными Силами Республики Казахстан, а объединения, соединения и боевые части - боевые знамена установленного образца".