7 мая 1934 года Биробиджанский район, отведённый в 1920-х годах для еврейских поселенцев, был преобразован в Еврейскую автономную область, административный центр области, входящей тогда в Дальневосточный край, - г.Биробиджан. Позже область входила в Хабаровский край.

31 июля 1996 года утверждён флаг ЕАО (закон №18-оз). Им стало белое полотнище, посередине которого проходит горизонтальная полоса, состоящая из 7 отдельных полосок: красной, оранжевой, жёлтой, зелёной, голубой, синей, и фиолетовой (семь цветов радуги). Ширина цветных полосок равна 1/40 ширины флага, ширина белых полосок, разделяющих цветные, равна 1/120 ширины флага. Отношение длины флага к его ширине равно 3:2.

Автор проекта флага Александр Дмитриевич Валяев.

Радуга символизирует завет, данный Богом людям. Библия описывает это так:

"11 Поставляю завет Мой с вами, что не будет более истреблена всякая плоть водами потопа, и не будет уже потопа на опустошение земли.
12 И сказал Бог: вот знамение завета, который Я поставляю между Мною и между вами, и между всякою душею живою, которая с вами, в роды навсегда:
13 Я полагаю радугу Мою в облаке, чтобы она была знамением завета между Мною и между землею.
14 И будет, когда я наведу облако на землю, то явится радуга в облаке,
15 И Я вспомню завет Мой, который между Мною и между вами ...
16 И будет радуга в облаке, и Я увижу её, и вспомню завет вечный между Богом и между всякою душею живою во всякой плоти, которая на земле".
(Книга Бытие, глава 9).

Флаг ЕАО внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №102.

25 декабря 2002 года принят Закон Еврейской автономной области от №123-ОЗ "О внесении дополнения в закон ЕАО "О государственных символах Еврейской автономной области".

Законом Еврейской автономной области от 23 апреля 2008 года №369-ОЗ "О государственных символах Еврейской автономной области" были установлены государственные символы ЕАО. В тексте Закона флаг описан следующим образом:

"Статья 1
...
2. Флаг области представляет собой белое прямоугольное полотнище, на горизонтальной оси которого расположена цветная полоса, символизирующая радугу и состоящая из семи узких горизонтальных полосок, расположенных сверху вниз в следующем порядке: красной, оранжевой, желтой, зеленой, голубой, синей и фиолетовой, ширина каждой из которых равна 1/40 ширины флага, разделенных между собой узкими белыми горизонтальными полосками, ширина каждой из которых равна 1/120 ширины флага. Отношение ширины флага к его длине составляет 2:3. При размещении флага вертикально цветные полоски на нем должны быть расположены в порядке, определенном абзацем вторым настоящей статьи, слева направо, если стоять к флагу лицом.
Многоцветный рисунок флага области помещен в приложении 1 к настоящему закону".

По сообщению М.В.Ревнивцева со ссылкой на справочную правовую систему "Гарант"

Современная муниципальная организация Еврейской АО:
- городской округ "город Биробиджан"
- муниципальные районы:
Биробиджанский, Ленинский, Облученский, Октябрьский, Смидовичский

В состав муниципальных районов входят городские поселения: Бирское, Бираканское, Волочаевское, Известковское, Кульдурское, Николаевское, Облученское, Приамурское, Смидовичское, Теплоозерское.