Село Нижние Котлы в 1930-х годах вошло в черту города Москвы, позднее построен микрорайон Волхонка-ЗИЛ. В 1991 году образован "временный муниципальный округ Нагорный", в состав которого вошли бывш. село Нижние Котлы и микрорайон Волхонка-ЗИЛ. В 1995 году создан район Нагорный. В начале 2000-х годах в границах района создано муниципальное образование Нагорное, получившее затем статус муниципального округа.

Символы муниципального образования Нагорное утверждены Решением муниципального Собрания № МНА-03-02/15 от 23 апреля 2004 года.

Описание флага:
Флаг муниципального образования Нагорное представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. Полотнище разделено из нижнего угла, прилежащего древку, фигурным делением в виде трех зубцов. В прилежащей к древку белой части полотнища помещено изображение красной кувшинки. Габаритные размеры изображения составляют 5/24 длины и 5/16 ширины полотнища. Центр изображения находится на расстоянии 1/6 длины полотнища от бокового края, прилежащего древку, и на расстоянии 1/ 4 ширины полотнища от его верхнего края. В противоположной древку красной части полотнища помещено изображение белой кувшинки. Габаритные размеры изображения составляют 5/24 длины и 5/16 ширины полотнища. Центр изображения находится на расстоянии 1/6 длины полотнища от бокового края, противоположного древку, и на расстоянии 1/4 ширины полотнища от его нижнего края.

Деление полотнища символизирует крутой и извилистый берег реки Котловки, именовавшийся ранее Поклонной горой. Три выступающих зубца указывают на располагавшиеся ранее на территории местности поселения Нижние Котлы, Верхние Котлы, Волхонка. Серебряное поле означает воды реки, омывающие Поклонную гору. Красное поле свидетельствует о состоявшемся здесь в 1606 году сражении между войсками Ивана Болотникова и царя Василия Шуйского. Две кувшинки переменных с полями цветов символизируют две реки: Котловку и Чертановку, в которых в прежние времена росли кувшинки. Реки ограничивают территорию муниципального образования с севера и юга.

Изображение флага и другие материалы любезно предоставлены И.Карташовым (г.Москва)

Флаг муниципального образования Нагорное внесен в Геральдический реестр города Москвы под № 124-ОС.

После преобразования в муниципальный округ Нагорный продолжал использоваться старый флаг.

Символы муниципального округа подтверждены Решением Совета депутатов муниципального округа Нагорный от 15 ноября 2017 года № 16-11/17

2.1. Описание флага муниципального округа Нагорный гласит:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба муниципального округа Нагорный, выполненные красным и белым цветом".
2.2. Обоснование символики флага муниципального округа Нагорный.
Флаг муниципального округа Нагорный создан на основе герба муниципального округа Нагорный и повторяет его символику.
Две кувшинки переменных с полями цветов аллегорически символизируют реки Котловку и Чертановку, ограничивающие территорию муниципального округа Нагорный с севера и юга. В прежние времена в этих реках росли кувшинки.
Деление поля символизирует крутой и извилистый берег реки Котловки, именовавшийся ранее Поклонной горой.
Серебряное поле флага – символ реки, омывающей Поклонную гору.
Три выступающих зубца символизируют располагавшиеся ранее на территории муниципального округа Нагорный поселения Нижние Котлы, Верхние Котлы и Волхонка.
В 1606 году здесь состоялось сражение между войсками Ивана Болотникова и царя Василия Шуйского, что символически показано червленым полем. 
Примененные во флаге цвета символизируют:
красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника, кроме того, цвет герба Бутырского полка;
белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.

Решением Совета депутатов МО Нагорный от 12.11.2018 года № 17-04/18 решение от 15.11.2017 года отменено, приняты новые Положения о гербе и флаге. Описание и изображение флага не изменилось. Хотя уточнен рисунок оборотной стороны полотнища.

Флаг муниципального округа Нагорный внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12131.

По информации В. Пермякова

Флаг подтвержден Решением Совета депутатов ВМО МО Нагорный от 16 сентября 2025 года № 10-05/25 "Об официальных символах (гербе и флаге) внутригородского муниципального образования – муниципального округа Нагорный в городе Москве" Описание флага не изменилось:

2.1. Описание флага муниципального округа Нагорный в городе Москве гласит:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба муниципального округа Нагорный в городе Москве, выполненные красным и белым цветом".

По информации В. Маркова

Уже через полгода решение от 16.09.2025 года было признано утратившим силу и Решением Совета депутатов ВМО-МО Нагорный от 17 февраля 2026 года № 02-06/26 "Об официальных символах (гербе и флаге) внутригородского муниципального образования – муниципального округа Нагорный в городе Москве" принята новая редакция Положения о флаге. Впрочем описание флага не изменилось.

2.1. Описание флага муниципального округа Нагорный в городе Москве: "Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба муниципального округа Нагорный в городе Москве, выполненные красным и белым цветом".

По информации В. Маркова