Село Зюзино включено в состав Москвы в 1960 году. В 1991 году в составе Юго-Западного административного округа образован временный муниципальный округ "Зюзино", с 1995 года - район Зюзино. В 2004 году образовано одноимённое муниципальное образование "Зюзино", ныне муниципальный округ.

Первый одобренный проектный вариант флага Зюзино несколько отличался цветовым решением. Диагональ была белой, поля по сторонам от нее - синим и красным. Рассматривались также варианты, где на полотнище помещались звездочка и два квадрата.

Рисунок из Музея Москвы. Ок. 2001 г.

Герб и флаг муниципального образования утверждены решением муниципального Cобрания № 1-РМС 26 января 2004 года. Описание флага:

"Флаг муниципального образования Зюзино представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
Полотнище флага состоит из верхней, прилегающей к древку, красной части и равновеликой ей нижней зеленой части, разделенных из нижнего, прилегающего к древку, угла полотнища желтой диагональной полосой, ширина которой составляет 7/30 длины (7/20 ширины) полотнища.
На желтой полосе, равномерно вдоль диагонали полотнища помещены изображения пяти липовых листьев. Габаритные размеры изображения одного листа составляют 2/15 длины и 1/5 ширины полотнища".

Левая золотая перевязь символизирует главную магистраль муниципального образования - улицу Каховка. Липовые листья символизируют многочисленные липовые аллеи муниципального образования. Число листьев - пять веков истории села Зюзино. Красное поле означает массовое кирпичное производство в селе Зюзино, развернувшееся после войны 1812 года. Голубое поле символизирует связь местности с Черным морем, в честь прибрежных городов которого названы многие улицы муниципального образования.

Использованы материалы официального сервера правительства Москвы

Решением Совета депутатов МО Зюзино от 16 ноября 2023 года № 13/01-РСД установлены официальные символы муниципального округа. Фактически подтверждены существующие с 2004 года герб и флаг муниципального образования Зюзино. Обновленный флаг в апреле 2024 года внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14923, а также в геральдический реестр города Москвы под номером МС № 32/2.

"2.1. Описание флага муниципального округа Зюзино:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на всю поверхность которого распространена композиция из герба муниципального образования, с заменой геральдических золота червлени и лазури соответственно желтым, красным и синим цветами".

По информации В. Маркова