Флаг района утвержден Решением Собрания депутатов Алатырского района от 27 октября 2017 года № 25/07

"3.1. Описание флага Алатырского района:
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Алатырского района в красном, жёлтом и белом цветах.
3.2. Авторская группа:
художник и автор идеи флага: Вадим Шипунов;
компьютерный дизайн: Дмитрий Шипунов (оба – Мариинский Посад).

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11883.

По сообщению В. Шипунова

В 2022 году решено преобразовать муниципальный район в Алатырский муниципальный округ, процедура должна быть завершена к 1.01.2023 г. При этом как административно-территориальная единица Алатырский район сохраняется.