Символы Алейского района определены Решением Собрания депутатов Алейского района Алтайского края от 04.7.2024 № 18 О принятии решения Собрания депутатов Алейского района Алтайского края "Об официальных символах (гербе и флаге) муниципального образования муниципальный район Алейский район Алтайского края". Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 15207.

2.1. Описание флага Алейского района гласит:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Алейского района, выполненные красным, синим и желтым цветом".
...
2.3. Обоснование символики флага Алейского района.
Алейский район расположен на юго-западе Алтайского края. Прекрасные черноземы способствуют развитию основного направления экономики района
— сельскому хозяйству.
Символика флага Алейского района:
- солнце – символ тепла, энергии, света и жизни – отражает расположение района в южной части Алтайского края;
- разделение поля герба на червлень и лазурь – аллегория чередования полей (Червлень)и рек и озер (лазурь) – символизирует благодатные алтайские земли и природу Алтайского края.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Лазурь - символ чести, благородства, духовности, возвышенных устремлений.
Красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы,
2.6. Авторская группа.
Идея: Чеков Сергей Иванович (Барнаул).

Источники - официальный сайт Администрации Алейского района, Геральдический архив В. Маркова