Флаг Алкинского МО утвержден решением Думы Алкинского муниципального образования от 2 августа 2023 г. № 22 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14559. Описание флага:

"Зеленое прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, на котором изображены фигуры из герба муниципального образования, выполненные в белом, голубом и желтом цветах.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны".
Флаг составлен на основе герба муниципального образования и повторяет его символику.

Разработка флага на основе герба осуществлена Евразийским гербовым центром (АНО "ЕГЦ").
Автор проекта - Ю.Ю. Росич (г. Москва).

Для справки приведем обоснование символики герба:

...Герб языком аллегорий символизирует исторические, природные и иные особенности Алкинского муниципального образования, административным центром которого является село Алкин. Также в состав муниципального образования входят села Александро-Невский Завод, Малая Кочерма, Сулкет и деревня Тобино.
Самым первым на территории Алкинского муниципального образования было основано село Александро-Невский Завод, который сокращенно местными жителями обычно именуется как АН-Завод. Село возникло в 1862 году, когда по просьбе Нижнеудинского купца Зубова с компанией, были выделены пустопорожние земли в 27 верстах от Куйтуна по реке Алке для строительства винокуренного завода. Эту особенность истории поселения в гербе символизирует многократно изогнутая (извилистая) форма главы, которая подобна змеевику в аппаратах для получения спирта.
В АН-Заводе расположен также и единственный по Куйтунскому району источник чистой питьевой воды, который обеспечивает питьевой водой весь район, а на Крещение здесь действует так же единственная официальная в районе купель. Эта же вода известна и за пределами района в фасованном виде под маркой «АН-заводская». Родник с кристально чистой и полезной водой в гербе символизирует фонтан. Серебряный цвет фонтана подчеркивает кристальную чистоту воды в роднике. По своей форме фонтан в виде двух расходящихся и сообращенных струй напоминает графически по своей форме сердце, что отображает в гербе любовь местных жителей к своему родному краю, их доброжелательность и гостеприимство. Крест в гербе олицетворяет как купель у родника, так и символизирует Покровскую церковь, расположенную в с. Алкин.
Оленья голова в гербе символизирует принадлежность территории к Куйтунскому району, главной фигурой которого является олень, а также дополнительно подчеркивает роль и значимость Алкинского муниципального образования как водного «сердца» всего района. В геральдике олень – символ благородства, неприхотливости, стойкости и долголетия.
Зеленый цвет поля символизирует расположение поселений в окружении смешанных и хвойных лесов, сибирскую тайгу, а лазоревый цвет главы щита – реки и ручьи, протекающие на территории муниципального образования. Глава также в определенной мере гласно отображает и название села Алкин, которое было названо от названия реки Алка, по одной из версий ее название происходит от тюрского слова «аллаха», что в переводе означает «быстрая».
Примененные в гербе цвета обозначают:
– Зеленый цвет (зелень) означает весну, здоровье, молодость и надежду, а также символизирует природу, окружающие леса.
– Синий, голубой цвет (лазурь) – символ великодушия, возвышенных устремлений, честности, искренности, верности, добродетели и безупречности, а также цвет неба и водных пространств.
– Серебро (белый) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения, а также символ зимы и снега.
– Золото (желтый цвет) является символом стабильности, энергии, высшей ценности и духовного богатства.

Источник - "ГЕРАЛЬДИКА.РУ"