Флаг Апнерского сельского поселения утвержден Решением Собрания депутатов Апнерского СП от 6 августа 2019 года № 12-2. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12621. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Апнерского сельского поселения в белом, красном, зелёном и жёлтом цветах".

Авторская группа: художник и автор идеи герба: Вадим Шипунов; компьютерный дизайн: Дмитрий Шипунов (все – Мариинский Посад).

По сообщению В. Шипунова