Флаг Арзгирского района утвержден Решением Совета Арзгирского МР № 271 от 17 июня 2011 года:

"Флаг представляет собой вертикально рассеченное на две равные половины жёлто-красное полотнище с соотношением сторон 2:3, несущее в себе фигуру герба: головку пшеничного колоса о восьми зернах в столб тех же переменных цветов, увершенную переменных цветов волютой".

Колос и волюта в форме бараньих рогов символизирует две главные отрасли хозяйства района - земледелие и овцеводство. Образ золотого колоса и золотого руна усиливается золотым полем, красный цвет символизирует высокий накал силы и мужества степного населения района, проживающего в суровых климатических условиях.

Использованы материалы сайта официального сайта Арзгирского района

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7715.

В 2020 году Арзгирский муниципальный район преобразован в Арзгирский муниципальный округ, все муниципальные образования в составе Арзгирского муниципального района упразднены. Как административно-территориальная единица Арзгирский район продолжает существовать.

Решением Совета депутатов Арзгирского муниципального округа от 8 декабря 2020 года № 57 "Об официальных символах Арзгирского муниципального округа Ставропольского края" утвержден флаг муниципального округа, им стал бывший флаг Арзгирского муниципального района (2011 г.).

По информации В. Пермякова.