Флаг Амамайского наслега утвержден Решением наслежного Совета депутатов № 116 от 8 апреля 2021 года.

Описание флага: Прямоугольное полотнище соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Атамайский наслег» в синем, зеленом, желтом и белом цветах.

"Центральной фигурой ... является изображение золотого священного древа – Аал-Луук мас с попарно расходящимися двенадцатью зелеными листьями и одной на вершине древа. Изображение священного древа - дань уважения нашим предкам, по преданиям прародителем поселения тринадцати наслегов был Ала ууьа Атамай. Также Аал-Луук мас символизирует духовно-культурное развитие, тягу к жизни. Золотой цвет означает сельскохозяйственную направленность экономики села. Зеленый цвет символизирует красоту и богатство природы, ее растительность. Три серебряные волны обозначают реки нашей местности Джюктеня, Тугэнэ, Сииттэ. Серебро символизирует суровую красоту Севера, чистоту и мудрость. Синий цвет символизирует преданность, верность, силу, стремление к победе, настойчивость, упорство, любовь к родине, доброе предзнаменование, гордость, славу и величие".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 13728.

Материалы геральдического архива В.Маркова (г.Санкт-Петербург)