Флаг Байагантайского 2-го наслега утвержден Решением наслежного Совета депутатов № 4 от 27 марта 2021 года.

Ветви дерева (лиственницы) образуют якутский узор, двойной корень символизирует объединение двух наслегов - Байагантайского и Хангаласского.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 13730.

Материалы геральдического архива В.Маркова (г.Санкт-Петербург)

По информации К. Баусса первоначально утвержденный в 2021 году флаг имел зеленый цвет, а вверху и внизу - белые полосы. Зеленый цвет символизировал лето, когда люди занимались собирательством и животноводством, белый цвет - зиму. Но в ходе обсуждения флаг был упрощён.

--