Балейский район образован в 1935 году. В 2004-2023 годах на территории района существовало муниципальное образование "Балейский район" (муниципальный район). С 2023 года - Балейский муниципальный округ (но в административно-территориальном делении Балейский район сохранился).

Флаг Балейского района утверждён решением Совета муниципального района "Балейский район" от 27 декабря 2022 г. № 220 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14302. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального района, фигуры которого изображены в желтом, белом, зеленом, красном, черном и малиновом цветах. Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.
Флаг составлен на основе герба муниципального района и повторяет его символику.

Для справки приведем обоснование символики герба:
"...Медведь – хозяин тайги и охранитель земель, а также типичный представитель местной фауны, символ суровых природных условий. В геральдике медведь обозначает мощь и неистовую силу, но одновременно и предусмотрительность, осторожность.
Картографический символ золота (рассеченный на чернь и серебро шар) – символ природных богатств района, символ полезных ископаемых и, в первую очередь, золотосодержащих руд, а также месторождений флюорита, редких металлов, цветных камней.
Символ золота отображает в гербе огромную роль золотодобычи в истории развития района.
Колосья в гербе символизируют аграрную специализацию района, которая всегда играла значимую роль в хозяйстве района (ведущие направления – мясомолочное животноводство и растениеводство).
Багульник (рододендрон) – один из типичных местных видов флоры и природных символов Забайкалья. Ветка цветущего багульника в гербе олицетворяет многообразие и живописность природы Балейского района, в т.ч. Семеновский заказник, на территории которого встречаются многие краснокнижные виды животных и растений.
Деление поля наискось символизирует природные особенности территории, аллегорически отражает долину реки Унда, а также гористый характер местности и символизирует отроги хребтов – Кукульбей, Цугольский, Ононский и юго-западную часть Борщовочного хребта.
Существует также версия, что на языке народа дауров слово «Балей» переводится как «светлое место» или «светлая долина». Это предположение подтверждается тем, что с высоты холма место, где расположен город, действительно отличается от остальной окружающей территории, оно более светлое. Деление поля щита наискось наподобие лучей в гербе символизирует эту версию происхождения названия.
Цвета поля – зеленый, желтый и красный – являются цветами официальной символики Забайкальского края и символизируют принадлежность Балейского района к Забайкальскому краю.
Применённые в гербе цвета в геральдике обозначают:
– Зелёный цвет (зелень) – символ весны, радости, надежды, жизни, здоровья, изобилия, природы, лесов и земледелия.
– Белый цвет (серебро) – символ совершенства, благородства, чистоты, веры и мира, а также цвет снега и зимы.
– Жёлтый цвет (золото) символизирует богатство, справедливость, стабильность, уважение, великодушие.
– Красный цвет (червлень) – символ труда, мужества и красоты.
– Чёрный цвет (чернь) символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия.

Авторская группа:
Разработка герба осуществлена при участии специалистов Евразийского гербового центра (АНО "ЕГЦ").
Идея - сотрудники администрации Балейского района (г. Балей);
Геральдическая доработка, обоснование символики - Ю.Ю. Росич (г. Москва);
Компьютерный дизайн - А.П. Карпова (г. Барнаул), Ю.Ю. Росич (г. Москва).

Источник: "Геральдика.Ру"