Богородицкий район образован в 1924 году еще в составе Тульской губернии. В 1934-44 гг. район упразднялся. С конца 1990-х существовало муниципальное образование "город Богородицк и Богородицкий район". В 2005 году оно переименовано в "Богородицкий район" и получило статус муниципального района. В составе муниципального района созданы городское поселение город Богородицк и несколько сельских поселений. В 2024 году официальным названием МО стало "Богородицкий муниципальный район Тульской области".

Флаг города Богородицка и Богородицкого района утверждён решением Думы города Богородицка иБогородицкого района № 9-82 от 24 июня 2002 года [есть информация, что от 25.06.2002 г...] и "представляет собой прямоугольное зеленое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, с белой полосой вдоль древка, составляющей 2/5 флага и несущей изображение фигур из герба муниципального образования Богородицкий район.
Обоснование символики Флага муниципального образования Богородицкий район. Главными фигурами Флага являются ветви травы богородицкой (или тимьян, чабрец) (osmundo regales), широко применяющейся в современной медицине, парфюмерии и пищевой промышленности. Белый цвет (серебро) в геральдике символ веры, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, откровенности и невинности. Зеленый цвет в геральдике символизирует достаток, процветание, стабильность".

Использовано изображение флага на сайте Богородицкого района (спасибо В.Попоски)

В 2002 году флаг города Богородицка и Богородицкого района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1060.

Флаг, ранее принадлежавший МО "город Богородицк и Богородицкий район", после муниципальной реформы "достался" МО "город Богородицк". Это закреплено решением Совета депутатов Богородицкого района от 20 августа 2009 года №11-64. Для Богородицкого района разработан новый флаг. Он утвержден решением Собрания представителей муниципального образования Богородицкий район от 20 августа 2009 года №11-63 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №5724. Описание флага:

"Прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с белой полосой в 1/3 полотнища вдоль нижнего края и с изображением девяти стеблей богородицкой травы из герба района: белых в зеленой части и зеленых в белой".

Обоснование символики флага Богородицкого района.
Флаг разработан на основе герба Богородицкого района, созданного с учетом исторического герба города Богородицка, Высочайше утвержденного 8 марта 1778 (по старому стилю). Преемственность символики города и района символизирует историческую общность и единство территории двух муниципальных образований.
Во время правления императрицы Екатерины II Богородицк был исключен из штатного расписания уездных городов империи, а его уезд превратили в волость, которую переименовали в "собственную ее императорского величества". На этих землях были сформированы владения для внебрачного сына Екатерины II и графа Григория Орлова - графа Алексея Григорьевича Бобринского.
Род графов Бобринских один из известнейших в истории Российской империи, давший государству целую плеяду талантливых людей. Но и для развития родной земли ими было сделано очень много: построены крупные сахарные заводы, Богородицк был включен в систему железнодорожного сообщения страны. А усадьба Бобринских сегодня является одним из важнейших памятников истории и культуры Тульской области.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Зеленый цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста и энергии.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки);
художник: Роберт Маланичев (Москва);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково)".

По материалам сайта "Союза геральдистов России"