Флаг Большечерниговского района утвержден решением Собрания представителей Большечерниговского района от 25 февраля 2010 года №448 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №6023. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равных прямоугольных частей (белой у древка и голубой у свободного края) и несущее в середине изображение орла, коронованного желтой короной, переменяющего цвет с чёрного на белое, с желтыми клювом и лапами, держащего в левой лапе длинный (процессионный) золотой крест в перевязь и повернувшего голову вправо".

Обоснование символики флага Большечерниговского района.
Современная территория Большечерниговского района с середины XIX века заселялась в основном переселенцами из Черниговской губернии. Именно этот исторический факт положен в основу флага Большечерниговского района. Цвета полотнища (бело-голубого) аллегорически указывают на Черниговскую и Самарскую губернии соответственно.
Центральной фигурой флага Большечерниговского района взята фигура чёрного орла из герба города Чернигова Черниговской губернии, как дань памяти жителей района о своей "малой родине" на Украине - городе Чернигове, что отражено в названии райцентра - Большая Черниговка.
Коронованный орел со скипетром символизирует власть, величие, храбрость, победу.
Серебряная часть герба аллегорически показывает район как степной - с характерной степной растительностью: ковыль, острец, полынь, молочай - эти травы в степи смотрятся как серебряный ковер.
Лазоревая часть герба символизирует протекающую по территории Большечерниговского района реку Большой Иргиз ("мужественная девушка"), с происхождением названия которой связаны различные легенды.
Белый цвет (серебро) - символ веры, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, откровенности и невинности.
Голубой цвет (лазурь) - символ славы, чести, верности, искренности.
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность и вечность бытия.
Желтый цвет (золото) - символ верховенства, величия, уважения, богатства.
Авторская группа:
идея герба: Константин Мочёнов (Химки);
компьютерный дизайн: Юрий Коржик (Воронеж), Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Галина Туник (Москва)".

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России