Согласно Закону Красноярского края от 15 мая 2025 года МО городской округ город Бородино стал частью Рыбинского муниципального округа, перестав быть отдельным муниципальным образованием.

Флаг Бородино утвержден решением городского Совета депутатов г. Бородино от 12 декабря 2006 года №15-244р и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2840. Описание флага:

"Флаг представляет собой прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры герба города: вдоль нижнего края гора чёрных глыб, из которой появляется жёлтый лев, держащий жёлтые лопату в правой лапе и серп в левой".

Обоснование символики флага города Бородино.
Флаг Бородино разработан на основе герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические и экономические особенности города.
Еще в 30-е годы XIX столетия около села Бородино были обнаружены месторождения бурого угля. В конце века был проведен целый ряд горно-геологических работ, в результате которых был выявлен основной угольный пласт "Бородинский". Капитальная разведка и начало разработок угля началось спустя почти столетие - в 30-х годах ХХ века. Своим возникновением и развитием посёлок, а затем город Бородино обязан форсированному развитию Канско-Ачинского топливно-энергетического комплекса (КАТЭК). Начало разработок ускорила Великая Отечественная война, когда из-за потери угольной промышленности западных регионов потребовалось восполнить недостаток топлива.
В начале восьмидесятых годов ХХ столетия Ирша-Бородинский разрез стал крупнейшим угольным предприятием страны.
Жёлтый красноярский лев, возникающий из горы угля символизирует огромную роль Бородинского угледобывающего комплекса, для обеспечения энергетики края и всей страны.
Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, стабильности, уважения и интеллекта.
Красный цвет полотнища - символ тепла, силы, мужества, труда и красоты, усиливает символику герба, подчеркивая молодость и красоту города, направленность его развития в будущее.
Гора чёрного угля в основании флага - это фундамент, на котором основано процветание города.
Чёрный цвет - символ мудрости, скромности, вечности бытия.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Дмитрий Печёрин (Бородино),
художник: Оксана Фефелова (Балашиха),
компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва),
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Использованы материалы сайта "Союза геральдистов России"

В 2025 году город Бородино утратил муниципальный статус ("городской округ" упразднён, город вошёл в состав Рыбинского муниципального округа). Но внесенный в Государственный геральдический регистр РФ флаг города Бородино был признан флагом населенного пункта город Бородино Рыбинского муниципального округа.