На территории наслега один населенный пункт - село Чай.

Флаг Борогонского наслега утверждён Решением №30 наслежного Совета от 17 марта 2009 года.

"Флаг представляет собой золотое прямоугольное полотнище, несущее основной символ герба наслега - зеленый росток «Унугэс» (трилистник).В нижней части флага размещены два разновеликих по ширине полосы - голубая и зеленая, разделенные между собой золотой линией. Соотношения голубой полосы к ширине флага 1/10, зеленой полосы к ширине флага 1/5.Отношение ширины флага к его длине - 1:2".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6426.

По материалам геральдического архива В.Маркова. Фото свидетельства с сайта Правительства РС(Я) - https://www.sakha.gov.ru