На территории муниципального образования 4 населенных пункта: село Томтор (центр поселения), сёла Агаякан, Аэропорт, Куйдусун.

Флаг Борогонского 2-го наслега утверждён решением наслежного Совета депутатов № 13 от 5 сентября 2017 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11817. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Борогонский 2-й наслег» в синем, зелёном и белом цветах".

Обоснование символики герба
Вилообразный крест олицетворяет три реки, протекающие на территории наслега: Индигирка, Куйдусун и Буор-Юрэх. Снежинка характеризует суровый климат, показывает красоту северной природы. Серебряный бык олицетворяет как суровые зимы (Бык Зимы), так и преимущественную сельскохозяйственную направленность занятости населения.Серебряная лошадь, как потомок ДьөhөгөйАйыы, являющегося прародителем народа Саха расположена в левой верхней части герба. Обаобращены друг к другу, головы подняты вверх, как символ благочестивости и миролюбивого характера жителей Борогонского 2-го наслега.

Информации В. Маркова