Флаг Борогонского наслега утвержден Решением наслежного Совета депутатов № 64 от 29 декабря 2017 года.

Всадник – внук Эллэя Боотура Молотой Оххон (основатель наслега). Три коновязи символизируют объединение 3 наслегов. Рыба - символ рыболовства.

Позже флаг был несколько подправлен (но номер решения сохранился старый). Официальное описание:

Прямоугольное полотнище соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Борогонский наслег» в синем, желтом и белом цветах".

Обновленный флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 14145.

Материалы геральдического архива В.Маркова (г.Санкт-Петербург)