В 1777 году был образован Череповецкий уезд Новгородской губернии с центром в городе Череповце (переименованном тогда же из слободы). Уезд просуществовал вплоть до 1918 года (кроме короткого периода 1796-1802 гг.), в советское время находился в составе Череповецкой губернии. На части территории бывшего Череповецкого уезда в 1927 году был образован Череповецкий район, сначала Ленинградской области, а с 1937 года - Вологодской области. В начала 2000-х годов муниципальное образование в границах района именовалось Череповецкий муниципальный район, в его составе выделялось 13 сельских поселений - муниципалитетов нижнего уровня. Областным законом от 16 апреля 2025 года Череповецкий муниципальный район преобразован в Череповецкий муниципальный округ. Город Череповец хоть и был административным центром района, не входил ни в состав Череповецкого (административного) района, ни в состав Череповецкого муниципального района, не входит и в Череповецкий муниципальный округ.
Флаг Череповецкого района утверждён Решением Череповецкого районного Собрания представителей от 27 февраля 2002 года № 222 "О гербе и флаге Череповецкого муниципального района Вологодской области" и внесён в Государственный геральдический регистр под № 1034.
"Флаг Череповецкого муниципального района Вологодской области представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур и цветов полей герба района в упрощённой версии.
Материалы книги-справочника "Гербы и флаги Вологодской области", 2009 г.
Решением Муниципального Собрания Череповецкого района от 26 сентября 2007 года №470 в Решение о гербе и флаге от 27.2.2002 г. внесены изменения, не касающиеся описаний символов района.
После создания Череповецкого муниципального округа (2025) существующие символы были закреплены за ним Решением Муниципального Собрания Череповецкого муниципального округа от 23 сентября 2025 года № 16 "Об утверждении Положений о гербе и флаге муниципального образования Череповецкий муниципальный округ Вологодской области"
3. Флаг муниципального округа представляет собой полотнище, несущее изображение фигур и цветов герба Череповецкого муниципального округа в упрощенной версии. Соотношение длины к ширине - 2 x 3.
Материалы официального сайта муниципального округа - https://35cherepoveckij.gosuslugi.ru/