Район образован в 1928 году, затем упразднялся, восстановлен в 1965 году. Центр - село Челно-Вершины. В 2004 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района, в его составе образованы несколько сельских поселений.

Флаг района утвержден решением собрания представителей от 22 марта 2005 года №156 и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №1868:

"Прямоугольное двустороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3.
Поле флага разделено отходящим от древка треугольником, не достающим до свободного края на 1/16 длины полотнища и разделённым на четыре сектора - червленый (красный), золотой, изумрудно-зеленый и пурпурный (малиновый), вдоль свободного края полотнища расположен чёрный треугольник. Оба треугольника соприкасаются вершинами
Символика сведена к водным просторам рр.Черемшан и Кондурча, межнациональной дружбе и ведущей отрасли хозяйства (сельское хозяйство).
Флаг разработан на базе герба муниципального района Челно-Вершинский.

Автор флага - Глеб Владимирович Алексушин

Иллюстрация взята из журнала "Гербовед" №83