Ейский район образован в 1924 году (районные депутаты официально утвердили дату рождения района - 26 сентября 1794 г. - по дате образования Ейского округа Черноморского казачьего войска). Муниципальное образование в границах района в 2004 году наделено статусом муниципального района. В его составе образованы муниципалитеты 1-го уровня - сельские поселения. В 2007 году в состав муниципального района вошел город Ейск как Ейское городское поселение. Согласно Уставу официальным наименованием МО до 2025 года было муниципальное образование "Ейский район". С 2025 года - "Ейский муниципальный район" (но допускаются и сокращенные версии: "муниципальное образование Ейский район" или "Ейский район").
Флаг Ейского района утверждён решением Совета муниципального образования Ейский район от 28 марта 2006 года (№196) и внесён в Государственный геральдический регистр под №2262. Описание флага:
"Флаг Ейского района представляет собой прямоугольное зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее со смещением к древку синюю с белыми границами волнистую диагональную полосу (габаритная ширина полосы равна 4/9 ширины полотнища) и вплотную к ней жёлтую волнистую полосу, габаритная ширина которой 3/5 ширины полотнища; на голубой полосе изображена белая с красными глазом и плавниками фигура стерляди".
Обоснование символики флага Ейского района.
Флаг разработан на основе герба, в котором отражено название Ейского района – река Ея, вдоль берегов, которой расположен район, а стерлядь, плывущая в синей реке, основной элемент герба города Ейска – центра района, имя которого перешло в район. Кроме того, стерлядь сама по себе отражает рыбные богатства Азовского моря, омывающего район.
Голубой цвет – символ чести, славы, преданности, истины, красоты, добродетели и чистого неба.
Белый цвет (серебро) – символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
Жёлтая полоса символизирует богатую солнцем и дарами Кубанскую землю, что дополняется зеленым и жёлтым цветом – цветом сельского хозяйства.
Зеленый - является символом плодородия, спокойствия, здоровья и вечного обновления.
Жёлтый цвет (золото) – символ урожая, богатства, прочности, величия, интеллекта и прозрения.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки),
художник: Роберт Маланичев (Москва),
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва).
Использованы материалы Союза геральдистов России