На территории наслега один населенный пункт - с.Екюндю.

Флаг Екюндюнского наслега утверждён Решением №25 наслежного Совета от 22 января 2009 года.

"Флаг представляет собой прямоугольное полотнище, несущее основные символы герба наслега, состоящее из двух разновеликих горизонтальных полос разделенных золотым волнистым поясом, соответственно зеленого и голубого цветов.Соотношение ширины полос к ширине флага: зеленой полосы - 2/1 ширины флага, голубой - 2/2 ширины флага, золотого волнистого пояса - 1/16 ширины флага.Отношение ширины флага к его длине - 1:2".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6428.

По материалам геральдического архива В.Маркова. Фото свидетельства с сайта Правительства РС(Я) - https://www.sakha.gov.ru