Рабочий посёлок Еманжелинск образован в 1931 году. В 1959-1962 гг существовал Еманжелинский район (когда Еманжелинский горсовет был объединен с Еткульским районом). До 2004 года существовало МО "город Еманжелинск". В 2004 году муниципальное образование переименовано в Еманжелинский муниципальный район, в том же году в составе муниципального района созданы три городских поселения, в т.ч. и "Еманжелинское городское поселение". В марте 2025 года Еманжелинский муниципальный район преобразован в Еманжелинский муниципальный округ, Еманжелинское городское поселение упразднено.

Флаг города Еманжелинска разработан К.Моченовым (идея), Г.Туник (обоснование символики), Ю.Коржиком (компьютерный дизайн) и утвержден Постановлением городского Собрания депутатов №215 20 ноября 2002 года. Описание флага:

"Прямоугольное белое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее в центре фигуру из герба города: черного лебедя с воздетыми крыльями, жёлтыми клювом и короной о пяти зубцах, плывущего по выщербленной полосе в 1/4 полотнища вдоль нижнего края, покрытой синей, окаймленной жёлтым цветом, чешуей".

Черный лебедь с золотой короной символизирует основное природное богатство региона - каменный уголь (месторождение бурого угля начало разрабатываться здесь в 1929 году), а также тепло, которое дает уголь. Волны символизируют озеро Большой Сарыкуль и реку Еманжелинку.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №1123.

Использованы материалы книги К.Ф.Моченова и Г.А.Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований"
с любезного разрешения К.Ф.Моченова