Емельяновский район образован в 1936 году. В 2005 году муниципальное образование в пределах Емельяновского района получило статус муниципального района, в его составе образованы городское поселение посёлок Емельяново и несколько сельских поселений. Законом Красноярского края от 15 мая 2025 года Емельяновский муниципальный район объединен с городским округом посёлок Кедровый в новое муниципальное образование - Емельяновский муниципальный округ (Мининский сельсовет при этом присоединен к городскому округу Красноярск). Административным центром округа стал городской посёлок Емельяново. Все муниципалитеты первого уровня в границах района при этом упразднены.
Флаг МО "Емельяновский район" утвержден решением Емельяновского районного Совета депутатов от 18 февраля 2004 года №23-252р и внесён в Государственный геральдический регистр под № 1439. Описание флага:
"Флаг Емельяновского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее гербовую композицию: на синем фоне красный арочный проём и в нём жёлтый лев, несущий в передних лапах жёлтые лопату и серп; в правой лапе – лопата, в левой лапе - серп; над ним, поверх края проема, белый лёт".
Обоснование символики флага Емельяновского района
Мотив флага: "Емельяновский район - воздушные ворота Красноярска", что показано арочным проемом и летом.
Емельяновский район расположен в пригородной зоне Красноярска и на его территории находится аэропорт "Красноярск"
Фигура льва с лопатой и серпом взята из исторического герба города Красноярска 1851 года, что говорит об исторической преемственности символики пригородного района.
Жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, прочности, силы, великодушия.
Синий цвет (лазурь) - символ неба, возвышенных устремлений, мышления, искренности и добродетели.
Лопата, серп и красная часть поля герба аллегорически показывают, что основное место в экономике района занимают предприятия сельского хозяйства, на которых работают талантливые, трудолюбивые, замечательные люди, которые искренне любят свою родную землю.
Белый цвет (серебро) - символ совершенства, благородства, чистоты, веры, мира.
Красный цвет символизирует труд, жизнеутверждающую силу, мужество, праздник, красоту
Авторская группа: идея флага: Константин Мочёнов (Химки), Владимир Дюков (Красноярск), обоснование символики: Галина Туник (Москва), компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва), Оксана Афанасьева (Москва)
Использованы материалы сайта Союза геральдистов России