В 2004 году муниципальное образование в границах района получило статус муниципального района. Законом Курской области от 03.04.2026 г. Глушковский муниципальный район упразднён, взамен него создан Глушковский муниципальный округ.

По информации сайта "Геральдика.Ру" флаг Глушковского района утвержден Решением Представительного Собрания Глушковского района Курской области 19 декабря 2023 г. № 41.

Описание флага:
Флаг муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального район в белом, зеленом и желтом цветах.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Обоснование символики:
Флаг составлен на основе герба муниципального района и повторяет его символику.
Глушковский район Курской области является сельскохозяйственным районом. Природные богатства и красоту района определяет река Сейм, протяженность которой в границах района составляет более 100 км. Это определило рисунок флага. Он представляет собой три полосы: белая, зеленая, желтая по 23, 3 см. ширина каждой полосы. Белая полоса - символ белого золота района, сахара. Посевы сахарной свеклы в районе занимают значительные площади, и успешно работает Теткинский сахарный завод. В левом верхнем углу расположен герб района. Зеленая полоса является символом поймы реки Сейм и ее заливных лугов. Желтая полоса является символом основной производственной культуры пшеницы.