Муниципальное образование в границах района в 2004 году наделено статусом муниципального района. До 2024 года Мо именовалось муниципальное образование "Гулькевичский район". С 2024 года - Гулькевичский муниципальный район (при этом разрешены сокращенные наименования "муниципальный район Гулькевичский район" и "Гулькевичский район").

Флаг МО "Гулькевичский район" утвержден решением Совета муниципального образования "Гулькевичский район" от 26 февраля 2006 года №13 и внесён в Государственный геральдический регистр под №2288. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище жёлтого цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее в крыже расположенные синий кадуцей над скрещёнными красными молотами. У свободного края треугольник в виде вертикально развёрнутой кирпичной бело-красной кладки (причём красные элементы образуют красную сломанную под углом полосу, примыкающую к краю треугольника), отделённый от основной части полотнища синей сломанной под углом полосой, несущей 15 белых звёзд (ближайшая к древку имеет больший размер)".

Обоснование символики флага Гулькевичского района:

Молоточки символизируют железную дорогу, проходящую через район, строительные организации, а также это элемент личного герба барона Штейнгеля – одного из тех кто первым начал осваивать и развивать эти земли.
Кадуцей – символ торговли, ведь именно благодаря предприимчивым купцам, получили развитие закубанские земли в XIX веке.
Синее стропило символизирует излучину реки Кубани, протекающей вдоль всего района.
Золотой цвет полотнища – цвет богатства, символ могущества, знатности, постоянства, прочности. Золото в гербе аллегорично показывает уникальную кубанскую природу, неисчерпаемое богатство полей района.
Мурованная чёрным серебряная стена с червлёным ступенчатым ( в виде кирпичной кладки) стропилом символизирует строительные организации района, кирпичные заводы, в том числе пока единственный силикатный завод на Кубани.
15 серебряных звёзд – 15 городских и сельских поселений района.
Белый цвет служит символом благородства, чистоты, справедливости, великодушия.
Красный цвет – символ красоты, праздника, мужества, труда.
Авторская группа:
идея флага: Бузун Ю.Г. (Гулькевичи), Нагаевский В.В. (Тихорецк), при участии Константина Мочёнова (Химки), обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково), компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва).

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России