Калачинский район образован в 1925 году. До 2024 года муниципальное образование именовалось Калачинский муниципальный район. Областным законом от 23 декабря 2024 года муниципальный район преобразован в муниципальный округ Калачинский район. Административный центр — город Калачинск.

Флаг Калачинского муниципального района утверждён Решением Совета Калачинского МР от 26 марта 2020 года № 15-РС. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13182. Согласно тексту Положения о флаге:

"2. Геральдическое описание флага Калачинского района
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 разделенное на две полосы – желтую в 1\4 ширины, красную в 3\4 ширины. На линии деления посередине переменных цветов кольцо – сибирский калач диаметром 3\8 ширины, под которым желтый кулик с белой грудью, держащий в клюве желтую веточку таволги с белыми цветками, стоящий на узкой фигурной полосе во всю длину посередине нижней четверти, изображающей веревку из чередующихся двух белых и черных витков.

3. Обоснование символики флага Калачинского района
Флаг Калачинского муниципального района разработан на основе символики герба Калачинского муниципального района.

4. Авторская группа: идея герба – Груздов Е.В., художник – Журавлёв Е. Н. (члены Сибирской геральдической коллегии).

По информации В. Пермякова