Район образован в 1934 году. Административный центр района - станица Каневская. Муниципальное образование в границах района в 2004 году наделено статусом муниципального района. Согласно Уставу (утв. 2017, ред.2021 г.) официальное наименование МО - муниципальное образование "Каневской район". Но в ряде официальных документов и на официальном сайте используется название "Каневской муниципальный район".

Флаг Каневского района принят Решением Совета МО Каневской района № 15 протокол 15 от 11 мая 2006 года. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 2267. В тексте "Положения о флаге МО Каневской район" говорится следующее:

"3. Описание и обоснование символики флага Каневского района.
3.1. Описание флага:
"Флаг каневского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённоео на три горизонтальные полосы: белую в 1/6 ширины полотнища, красную - в 2/3 ширины полотнища, голубую - в 1/6 ширины; посередине красной полосы - изображение жёлтого коня из герба"
3.2. Обоснование символики флага
Флаг разработан на основе герба Каневского района.
Взвившийся в стремительном прыжке над степью конь вместе с красным цветом полотнища флага отражает глубокие корни местного казачества.
Композиция флага района говорит о здоровой, богатой дарами кубанской природе - как символе человеческой духовности и благополучия, красоты, гармонии, вечности.
На флаге отражены три стихии - воздух (белая полоса), земля (красная полоса) и вода (голубая полоса).
Жёлтый цвет (золото) в геральдике - символ высшей ценности, прочности, силы, великодушия, солнечного света и рассвета.
Белый цвет (серебро) - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира и сотрудничества.
Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности, возвышенности устремлений.
Красный цвет - символ мужества, труда и красоты.
Авторская группа:
идея флага - К. Моченов, компьютерный дизайн - О. Афанасьева

Рисунок предоставлен В.Попоски со ссылкой на сайт ст.Каневской