Положение о гербе и флаге города Когалым утверждено решением городской Думы №55 29 сентября 1998 года.

Флаг представляет собой "прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное по горизонтали на две равновеликие части - синюю и зеленую; одна пятая часть полотнища у древка выделена в виде чередующихся вертикальных полос - трех белых и двух синих, при этом синие полосы вдвое шире белых".

Синяя и зелёная полосы взяты с флага Ханты-Мансийского автономного округа. Синие полосы на белом поле символизируют реки Ингу-Ягун и Кирилл-Высьягун, протекающие по нетронутым просторам севера.

Флаг Когалыма внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 279.