Флаг города Купино утверждён Решением Совета депутатов города Купино Новосибирской области от 15 июня 2011 года № 74 "Об утверждении герба и флага города Купино" и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7111.

"Флаг города Купино основан на городском гербе и представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее из трёх разновеликих горизонтальных полос синего, жёлтого и зелёного цветов, с изображением двух сообращённых белых лебедей и между … жёлтым опрокинутым клином, опускаемым до середины флага. На жёлтом клине изображена Купина в соответствии с гербовым изображением.
Отношение ширины полос — 36:1:3.
Отношение ширины флага к его длине 2:3".
Купина представляет собой прямой крест в виде червлёных языков пламени с размещёнными между ними зелёными листьями.
Обоснование символики
Белые лебеди в синем поле указывают на природные особенности города Купино, основанного на берегу озёр Моховое, Галютиха и Садовое, в которых проживают лебеди, ставшие символом чистоты, верности и семейных ценностей.
Зелёная и жёлтая полосы символизируют Моховое озеро — место основания города.
Символ Купино — огненный крест — создаёт гласность флагу города Купино, основанного в день церковного праздника Неопалимой Купины, данная фигура также используется и на флаге Купинского района, что указывает на связь двух муниципальных образований.

Использованы материалы сайта Сибирской геральдической коллегии. Использован рисунок флага на сайте ЦТП "Феникс"