Cтаница Лабинская основана в 1841 году, в 1947 году она была преобразована в город Лабинск. Лабинской (первоначально назывался именно так) район образован в 1924 году. В 1963-65 гг. существовал Лабинский сельский район. В 1965 году город Лабинск стал городом краевого подчинения и был выведен из состава района. Муниципальное образование в границах района в 2004 году наделено статусом муниципального района. В его составе созданы Лабинское городское поселение и несколько сельских поселений. Согласно Уставу (утв. 2017, ред. 2026 г.) официальное наименование МО - Лабинский муниципальный район. Допускаются также наименования "муниципальное образование Лабинский район" и "Лабинский район".

Решением Совета МО "Лабинский район" №79 от 3 ноября 2005 года и внесен в Государственный геральдический регистр под № 2044. Авторская группа: М.Шарунов, А.Раков, Г.Мочёнов, К.Переходенко, Г.Русанова.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее посередине фигуры герба района: голубой круг в жёлтом сиянии (из коротких лучей); поверх круга таких же три горы с белыми вершинами и под ними две белые чешуйчато изогнутые полосы".

Горы на флаге изображают хребты Кавказа, а "чешуйчато изогнутые полосы" - реку Лабу.

Материалы книги К.Моченова, Ю.Коржика и А.Ракова "Официальные символы Краснодарского края и муниципальных образований"