В 1927 году образован Бельский район Боровичского округа Ленинградской области. В 1931 году он переименован в Любытинский район, в 1944 году вошел в Новгородскую область. В 1963-1965 гг существовал Любытинский сельский район (в других границах). В 2005 году в границах района образовано МО "Любытинский муниципальный район", а в его составе 2 сельских поселения - Любытинское и Неболчское. Областным законом от 27 января 2025 года Любытинский муниципальный район был преобразован в Любытинский муниципальный округ. При этом все муниципалитеты в границах района утратили муниципальный статус.
Флаг Любытинского района утвержден Решением Думы Любытинского МР от 20 октября 2011 года №70.
2. Описание флага района
2.1. Описание флага района: прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Любытинского муниципального района на белом фоне.
По материалам базы нормативных документов Министерства юстиции
19 августа 2016 года Решением Думы Любытинского муниципального района № 87 утверждены Положения о гербе и флаге Любытинского муниципального района.
2.2. Описание ФЛАГА: прямоугольное полотнище голубого цвета с отношением ширины к длине 2:3, из-за вертикальных краёв которого выходят навстречу друг друга два не касающихся подошвами нижнего края полотнища холма желтого цвета, на каждом из которых уходящая частью кроны за соответствующий вертикальный край полотнища сосна желтого цвета; в центре между холмами и позади них — храм белого цвета в виде кубического объема с пристроями по сторонам и портиком впереди, увенчанный ротондой под куполом с православным крестом.
По сообщению В. Пермякова. Рисунок - примерная реконструкция Ф. Шмидта (по образцу варианта 2017 года)
Решением Думы Любытинского муниципального района № 132 от 27 января 2017 года описания герба и флага дополнены после слов "... ширины к длине 2:3", словами "... на нижней горизонтали которого три черные волнистые линии ...". Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11546.
По сообщению В. Пермякова (документ) и В. Маркова (рисунок).