До 2012 года Марушкинское с.п. входило в состав Наро-Фоминского района Московской области. С 1 июля 2012 года вступило в силу Соглашение об изменении границы между субъектами Российской Федерации городом Москвой и Московской областью от 29 ноября 2011 года. К Москве отошли 2 городских округа и 19 городских и сельских поселений на юго-западе Московской области. В том числе и Марушкинское сельское поселение. В составе Москвы муниципальное образование именовалось "поселение Марушкинское". В состав поселения Марушкинское входили населенные пункты: Марушкино, Акиньшино, Анкудиново, Большое Покровское, Большое Свинорье, Власово, Давыдково, Красные Горки, Крекшино, Постниково, совхоз «Крекшино», Соколово, станции Крекшино, Шарапово. В 2024 году при новом делении Новой Москвы на районы и округа территория поселения Марушкинское была поделена между муниципальными округами Внуково и Филимонковский.

Флаг Марушкинского утверждён решением Совета депутатов сельского поселения Марушкинское от 17 июля 2007 года № 4/15 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3585. Описание герба:

"Прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, несущее вдоль древка красную полосу в 1/4 полотнища и воспроизводящее фигуры герба поселения: пять полос - голубую, изломанную в виде двух углов желтую, зеленую, волнистую белую и еще одну зеленую, с воспроизведенными на желтой полосе 4 пятилучевыми красными звездами".

Обоснование символики флага сельского поселения Марушкинское.
Флаг сельского поселения разработан на основе его герба.
Сельское поселение Марушкинское объединяет в себе пятнадцать населённых пунктов. Жёлтой полосой изломанной в форме литеры "М" - обозначена начальная буква в названии сельского поселения.
Фигура представленная ломаной полосой символически показывает монумент в деревне Крёкшино, поставленный в память о воинах, сражавшихся осенью 1941 года на линии обороны Москвы. Красные звёзды дополнят символику Великой Отечественной войны. Красный цвет - символ мужества, храбрости, силы, труда красоты и праздника.
Белая волнистая полоса указывает на речку Незнайку, протекающую через поселения.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Голубой и зелёный цвета - основные цвета герба символизируют природные богатства Марушкинского сельского поселения.
Зелёный цвет - символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.
Голубой цвет - символ воздушных просторов, чистого неба, а также чести благородства, возвышенных устремлений и духовности.
Жёлтый цвет (золото) - символ богатства, урожая, стабильности, уважения и интеллекта.
Авторская группа:
идея флага: Юрий Матешев (Наро-Фоминск), Алексей Пулин (п.Крекшино Наро-Фоминского МР), Константин Мочёнов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково)".

Материалы сайта Союза геральдистов России

Решением Совета депутатов от 28 ноября 2017 года № 10/56 "Об официальном символе (флаге) поселения Марушкинское в городе Москве" утвержден новый флаг поселения. Он практически повторяет флаг бывшего СП Марушкинское Наро-Фоминского муниципального района, но не имеет красной полосы у древка (которая символизировала принадлежность поселения к Московской области). Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11640.

Описание флага поселения Марушкинское: "Прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, воспроизводящее фигуры герба поселения Марушкинское, выполненные голубым, жёлтым, красным, зелёным, и белым цветом".

Текст документа прислан В. Пермяковым