Флаг Москаленского района утверждён Решением Совета Москаленского муниципального района Омской области от 28 октября 2009 г. №49 "Об утверждении Положения о гербе, флаге, гимне Москаленского муниципального района Омской области". Согласно тексту Положения "О гербе, флаге, гимне Москаленского муниципального района Омской области":

...
Раздел 2. Флаг Москаленского муниципального района Омской области
1. Флаг Москаленского муниципального района Омской области является официальным символом Москаленского муниципального района Омской области.
Флаг Москаленского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище белого цвета, в центре - изображение Герба района.
Имеется красного цвета полоса, вертикально расположенная на полотнище, что символизирует героику района прошлых лет.
Белый цвет стяга указывает на верность Отечеству, на особенные климатические особенности Омской области, ее снежные просторы, символ благородства, справедливости.
Желто-золотистый цвет снопа и колосья символизирует основное направление сельскохозяйственной деятельности района.
Соотношение ширины флага к его длине 2:3
Изображение флага в многоцветном варианте дано в приложении N 2 к настоящему Положению".

Использованы материалы справочной правовой базы "Гарант"

Герб и флаг Москаленского муниципального района Омской области утверждены решением Совета Москаленского муниципального района №33 от 25 марта 2020 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13186. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 разделенное на две полосы - красную в 3\4 ширины и зелёную в 1\4 ширины. В центре поверх обеих полос белые косым крестом положенные молот и кирка, поверх них желтый сноп, перевязанный зеленой лентой с выступающими по бокам концами.

Зеленая полоса символизирует лесостепь, сноп – сельское хозяйство, лента – надежду и изобилие, молот и кирка - строительство.

Материалы геральдического архива В. Маркова.

Законом Омской области от 17.07.2024 года Москаленковский муниципальный район был преобразован в муниципальный округ, однако название новой муниципальное единицы принято такое: "муниципальный округ Москаленский район".

Для муниципального округа Решением Совета Москаленского района от 30 апреля 2025 года № 86 переутверждены герб и флаг района без каких-либо изменений.

Материалы геральдического архива В. Маркова.