Мурашинский район образован в 1929 году. Муниципальное образование в границах района с 2003 года называлось Мурашинский муниципальный район. В 2020 году Мурашинский муниципальный район получил статус муниципального округа.

Флаг Мурашинского района и Положение о нем утверждены Решением Мурашинской районной Думы от 26 июня 2013 года № 28/6. Согласно тексту Положения о флаге:

"Флаг Мурашинского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением сторон (ширины к длине) 2:3, воспроизводящее герб Мурашинского муниципального района в зелёном, жёлтом, белом и красном цветах".

"...Своё название Мурашинский район получил от города Мураши, районного центра, а «мураши» – маленькие муравьи. Муравей служит символом трудолюбия, выносливости, сплочённости, коллективизма, кропотливого созидательного труда. Два муравья также символизируют и то, что в район составляют два поселения – городское и сельское. Мурашинский район славится лесными богатствами, которые символизируют фигуры, контуры которых напоминают ели. Кроме того, всё, что связано с лесодобычей и лесопереработкой, отражено основным – зелёным – цветом щита.
Начало и развитие станция Мураши, а позднее и Мурашинский район получили с появлением железной дороги Вятка – Котлас, которая и сегодня имеет важное социально-экономическое значение не только для Кировской области, но и для всего северо-востока Европейской части России. Значение железной дороги для района символически отражено в гербе золотым крылатым железнодорожным колесом.
2.3. Авторская группа: Евгений Дрогов (г. Киров), Ирина Макарова (г. Киров)".

Источник - официальный сайт Мурашинского района

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8557.

После преобразования района в муниципальный округ (2020) принято Решение Думы Мурашинского муниципального округа от 1 октября 2025 года № 41/5 "О переходе официальных символов". В решении говорится:

"2. Считать флаг Мурашинского муниципального района Кировской области, утвержденный решением Мурашинской районной Думы от 26.06.2013 № 28/6, зарегистрированный в Геральдическом Совете при Президенте Российской Федерации, внесенный в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под регистрационным номером 8557 – официальным символом (флагом) Мурашинского муниципального округа Кировской области".

Тем же решением утверждено обновленное Положение о флаге, в котором повторено то же описание флага, что и в решении 2013 года:

"2.1. Описание ФЛАГА: "Флаг Мурашинского муниципального округа представляет собой прямоугольное полотнище с отношением сторон (ширины к длине) 2:3, воспроизводящее герб Мурашинского муниципального округа в зелёном, жёлтом, белом и красном цветах".

Источник - страница Мурашинского округа на портале "Госуслуги"