Район образован в 1924 году как "Армавирский". В 1936 году переименован в "Новокубанский". Муниципальное образование в границах района в 2007 году наделено статусом муниципального района. В его составе создано Новокубанское городское поселение и несколько сельских поселений. Согласно Уставу (утв. 2017 г.) официальное наименование МО - муниципальное образование "Новокубанский район".

Флаг Новокубанского района утверждён решением Совета муниципального образования Новокубанский район №498 от 21 ноября 2006 года и внесён в Государственный геральдический регистр под № 2742. Описание флага:

"Флаг представляет собой прямоугольное желтое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее у древка волнистую голубую полосу габаритной шириной 6/27 длины полотнища; на фоне полосы воспроизведены желтые колосья и над ними, в крыже - скрещенные молотки в белом и желтом цветах; на желтой части расположена красная фигура вставшего на дыбы льва, передние лапы которого заходят на полосу и держат колосья".

"Авторская группа: идея герба: К. Мочёнов (Химки), М. Шарунов (Кранодар), А. Раков (Краснодар), художник: О. Фефелова (Балашиха), компьютерный дизайн: Г. Русанова (Москва), обоснование символики: К.Переходенко (Конаково)".

По материалам сайта Администрации Краснодарского края