В 1926 году образован Сучанский район, с 1957 года - Партизанский. В 2004-2023 гг существовал Партизанский муниципальный район, затем - муниципальный округ.

Флаг Партизанского муниципального округа разработан на основе герба Партизанского муниципального района 2005 года, принят Решением Думы Партизанского муниципального округа от 14 ноября 2024 года № 246. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 15138. Согласно тексту Положения о флаге:

"Прямоугольное синее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Партизанского муниципального округа, выполненные зеленым, синим и желтым цветами. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

По информации М. Пешкова