Город Пущино также иногда именуется "Пущино-на-Оке". В 2005-2023 гг существовало муниципальное образование городской округ Пущино. В 2023 году городской округ Пущино вошел в состав городского округа Серпухов.

Флаг города Пущино (Пущино на Оке) утверждён Решением совета депутатов города №179/45 от 12 июля 1999 года. Официальное описание флага гласит: "Алое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба города с синей полосой вдоль верхнего края в 1/3 флага".

Белые звёзды символизируют радиоастрономическую обсерваторию Физического института им. П.Н.Лебедева, расположенную в городе. Трилистник символизирует былой статус города, как центра биологических исследований АН СССР.
Голубой цвет - природа Подмосковья, река Ока, честь, красота и добродетель.
Серебряный (белый) цвет - простота, совершенство, мудрость, благородство, мир, взаимосотрудничество.
Красный цвет - жизнеутверждающая сила, энергия и красота.

Авторы флага: Анатолий Обоишев (г. Пущино), Константин Моченов (г. Химки). Компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва).

В тексте использована информация официального сайта города Пущино (http://www.pushchino.ru/); изображение из книги К.Моченова "Официальная символика Подмосковья"

Флаг Пущино внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 499.