Шелопугинский район образован в 1935 году под названием "Шахтаминский", с 1961 года - Шелопугинский. В 2004-2023 годах на территории района существовало муниципальное образование "Шелопугинский район" (муниципальный район). С 2023 года - Шелопугинский муниципальный округ (но в административно-территориальном делении Шелопугинский район сохранился).

Герб и флаг Шелопугинского района утверждены Решением Совета муниципального района "Шелопугинский район" от 29 мая 2019 года № 95.

"Флаг муниципального района «Шелопугинский район» представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального района с заменой геральдических золота, серебра и червлени соответственно жёлтым, белым и красным цветами".

Камень символизирует полезные ископаемые и горнодобывающую промышленность; казацкие шашки - забайкальское казачество заселяло и осваивало территорию; гуран - типичный представитель фауны.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12438

Источник - геральдических архив В. Маркова. Текст документа прислан В. Марковым

После образования муниципального округа (2023 г.) символы района переутверждены Решением Совета Шелопугинского муниципального округа от 28 октября 2025 года № 144. Описание флага не изменилось, только слово "район" везде заменено на "округ".

"Флаг Шелопугинского округа представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Шелопугинского округа с заменой геральдических золота, серебра и червлени соответственно жёлтым, белым и красным цветами".
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Источник - геральдический архив В. Маркова.