Станица Сенгилеевская возникла в 1797 году. МО Cенгилеевский сельсовет создано в 2004 году и упразднено в 2020 году при преобразовании Шпаковского муниципального района в Шпаковский муниципальный округ.

Флаг Сенгилеевского сельсовета разработан И.Л.Проститовым и утвержден Решением Думы Сенгилеевского сельсовета № 171 от 25 февраля 2004 года и представляет собой полотнище из синей, жёлтой и зелёной горизонтальный полос. В крыже серебряный колокол с красной каплей вместо языка. Колокол напоминает о первом названии поселения - "Богоявленское", колокол и капля крови напоминают о трагедии 1807 года, когда множество жителей станицы было убито напавшими на поселение горцами. Цвета флага связываются с переводом названия станицы с тюркского - "место у воды (синий цвет), богатое травой (зелёный цвет)".

По материалам книги Н.А.Охонько "Символы малой родины". Данные об утверждении от В. Маркова