Станционный поселок Шилка образован в 1897 году, с 1926 года - районный центр, с 1951 года - город. Шилкинский район образован в 1926 году. С 2004 года - муниципальный район "Шилкинский район". Законом Забайкальского края от 20 июня 2025 года муниципальный район "Шилкинский район" преобразован в Шилкинский муниципальный округ (c переходным периодом до 1.10.2026 г.).

Флаг Шилкинского района разработан "Союзом геральдистов России" и утвержден Решением Шилкинского районного Собрания депутатов № 52 от 17 апреля 2001 года. В январе 2002 года флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 812. Официальное описание флага:

"Прямоугольное зелёное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, по середине с жёлтой вертикальной полосой в 1/4 длины, воспроизводящее в центре композицию гербового щита муниципального образования "Шилкинский район".

Флаг в точности повторяет композицию герба района, утвержденного тогда же.

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России
c любезного разрешения К.Моченова

На официальном сайте Шилки в 2003 году была изображена другая версия флага: гербовые фигуры помещены на жёлтую и зелёную горизонтальные полосы. Видимо, это один из предварительных проектов...

Решением Совета МР "Шилкинский район" от 22 октября 2009 года № 119 утверждено новое Положение о гербе и флаге (взамен решения 2001 года). Но флаг 2001 года сохранен без изменений:

"1.2. Описание флага:
«Флаг муниципального района «Шилкинский район» представляет собой двухстороннее прямоугольное зеленое полотнище с отношением ширины к длине2:3, по середине с жёлтой вертикальной полосой в 1/4 длины, воспроизводящее в центре композицию гербового щита муниципального района «Шилкинский район»».
1.3. Автор флага: Александр Лоскутников (г. Шилка)
Константин Моченов (г. Химки)
Компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва)
Юрий Коржик (г. Воронеж)

Материалы геральдического архива В. Маркова