Шимановский район образован в 1939 году. В 1975 году город Шимановск стал городом областного подчинения и был выделен из состава района, но остался его административным центром. В 2005 году муниципальное образование "Шимановский район" получило статус муниципального района. В его составе созданы муниципальные образования 1-го уровня - сельские поселения. Областным законом от 29.04.2022 года МО Шимановский район преобразовано в Шимановский муниципальный округ.

Флаг МО Шимановский район утвержден решением Шимановского районного Совета народных депутатов от 18 сентября 2015 года № 26/160 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10690. Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее изображение фигур из герба Шимановского района, выполненных зелёным, голубым, желтым, оранжевым, чёрным и серым цветом".
Обоснование символики флага Шимановского района.
Шимановский район расположен в юго-западной части Амурской области. По территории района протекают две крупных реки - Амур и Зея, при этом по реке Амур Шимановский район граничит с Китайской народной республикой. Район богат полезными ископаемыми. Здесь развито сельское хозяйство, в том числе животноводство мясомолочного направления.
Символика флага Шимановского района отражает природные и экономические особенности района:
- зелёный цвет полотнища - символизирует земли района;
- голубые края полотнища с узкой полоской жёлтого цвета - аллегория рек Амура и Зеи с их песчаными берегами;
- подсолнечник - символизирует развитое сельское хозяйство района, и аллегорически представляет собой встающее солнце, дарящее людям свет, тепло, радость нового дня и надежду на богатый урожай;
- три звезды - показывают принадлежность района к Амурской области, в гербе которой изображены такие же звёзды. Символика звезды - духовность, устремлённость в будущее, надежда на покровительство высших сил.
Зелёный цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Голубой цвет (лазурь) - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Жёлтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Чёрный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
Авторская группа:
Идея: Ирина Смолина (Шимановск)
Вексиллологическая доработка: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа - от В. Пермякова