Флаг поселения утверждён Решением Думы городского поселения р.п. Средняя Ахтуба от 12 августа 2011 года № 57/98 "Об утверждении Положения о флаге городского поселения р.п. Средняя Ахтуба".

Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба городского поселения р.п. Средняя Ахтуба в синем, белом и желтом цветах.

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 7992.