Единственный населенный пункт на территории наслега - село Томтор. До 2023 года наслег именовался "Томторский наслег", в 2023 году переименован в "Мельжехсинский 3-й наслег".

Флаг Томторского наслега утверждён Решением Томторского наслежного Совета депутатов от 2 апреля 2018 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 11811. На полотнище из зелёной и синей горизонтальных полос, разделенных волнисто, в середине изображен показанный сверху белый журавль с черными клювом, лапами и концами маховых перьев.

Описание флага: Прямоугольное полотнище соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования «Томторский наслег» в синем, зеленом, белом и черном цветах.

По информации Б. Вольфова со ссылкой на сайт наслега. Фото свидетельства прислано В. марковым