Флаг Тотьмы и Тотемского района разработан "Союзом геральдистов России" и утвержден Решением районного муниципального Собрания № 94 от 20 июля 1999 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 513.

"Жёлтое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур герба района с алой полосой вдоль верхней стороны в 1/4 флага".

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России

В 2022 году Тотемский муниципальный район был преобразован в Тотемский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Тотемский район сохранился.

Флаг муниципального округа утвержден Решением Муниципального Собрания Тотемского МО от 29 ноября 2022 года № 52 "Об утверждении Положений о гербе и флаге Тотемского муниципального округа Вологодской области". Фактически для округа подтвержден существующий флаг Тотемского района.

"Флаг представляет собой желтое полотнище с отношением ширине к длине 2:3, несущее изображение фигур герба округа с алой полосой вдоль верхней стороны в 1/4 флага".

Cобрание законодательства Вологодской области