Тюхтенский район образован в 1924 году. В 2005 году в границах района создано муниципальное образование со статусом муниципального района - "Тюхтетский район". Законом Красноярского края от 20 февраля 2020 года муниципальный район "Тюхтетский район" преобразован в "Тюхтетский муниципальный округ". Но как административно-территориальная единица Тюхтетский район сохранился. Законом Красноярского края от 15 мая 2025 года Тюхтенский муниципальный район был включен в состав Боготольского муниципального округа, перестав быть отдельным муниципальным образованием.

Флаг Тюхтетского района утвержден решением районного Совета депутатов от 29 марта 2004 года № 14-198 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1434. Описание флага:

"Флаг Тюхтетского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое косо от древка к свободному краю выгнутой кверху белой дугой, расширяющейся от древка, на две полосы: верхнюю зеленую и нижнюю красную в соотношении ширины у древка 1:9, а у свободного края 3:2, воспроизводящее фигуры из гербовой композиции: выходящую из верхнего угла у свободного края жёлтую кедровую лапу, а в красной части - жёлтого лося, смещенного к древку".

"Обоснование символики флага Тюхтетского района.
Флаг разработан на основе герба Тюхтетского района, где языком геральдических символов отражены природно-географические особенности района. Тюхтетский район расположен в таёжной экологически чистой зоне. Благодаря удалённости от больших промышленных предприятий он славен своими природными богатствами. Основными фигурами флага являются жёлтые стоящий лось и кедровая ветвь с шишкой, символизирующие богатства флоры и фауны района. Также лось - символ выносливости, независимости, а кедр - величия, долголетия, силы.
Белая дуга символизирует реку Тюхтетку, давшую название региону.
Красный цвет - символ мужества, самоотверженности, красоты и жизни.
Зелёный цвет - олицетворяет природу, надежду, здоровье.
Белый (серебро) - символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира, взаимосотрудничества.
Жёлтый (золото) - символ прочности, богатства, стабильности.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково);
художник: Оксана Фефелова (Балашиха);
компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва).

Использованы материалы сайта "Союза геральдистов России"