Убинский район образован в 1925 году в составе Сибирского края, с 1937 года - в Новосибирской области. Райцентр - село Убинское. В 2004 году Убинский район получил статус муниципального района. В 2025 году областным законом Убинский муниципальный район преобразован в Убинский муниципальный округ.

Флаг района утверждён Решением Совета депутатов Убинского района от 22 июня 2006 года № 9 "Об утверждении флага Убинского района". Флаг внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 2443.

Прямоугольное полотнище зеленого цвета, несущее в середине изображение стоящего белого гуся с воздетыми крыльями. красным клювом, языком и лапами. Внизу полотнище проходит белая полоса, занимающая 1/11 ширины флага, и под ней синяя полоса, занимающая 2/11 ширины флага, несущая изображение белой рыбы, увенчанной желтой трехзубцовой короной.

По сообщению А.Ю.Журавкова (Сибирская геральдическая коллегия)