Флаг Устьянского района разработан "Союзом геральдистов России" и утвержден Решением Собрания депутатов МО "Устьянский район" № 18 от 28 апреля 1999 года. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 462.

Флаг муниципального образования "Устьянский район" представляет собой голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, в котором, желтая кадка, сопровождаемая двумя желтыми медведями высыпающими из белых ковшей в кадку желтое зерно.

Композиция герба и флага символизирует знаменитую Прокопьевскую ярмарку в селе Бестужево, где гости традиционно добровольно сдавали зерно для приготовления пива для угощения прибывших на ярмарку.

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России
c любезного разрешения К.Моченова

В 2022 году Устьянский муниципальный район преобразован в Устьянский муниципальный округ (все сельские поселения в его составе утратили муниципальный статус). При этом район как административно-территориальная единица сохранен.