Верховажский район был образован в 1929 году в составе Няндомского округа Северного края, в 1930-х гг. район упразднялся и восстанавливался. С 1937 года район входит в Вологодскую область. В 2004-2022 годах существовало МО Верховажский муниципальный район. В 2022 году Верховажский муниципальный район был преобразован в Верховажский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Верховажский район сохранился. Административный центр района и округа - село Верховажье.

Флаг утверждён Решением Верховажского комитета районного самоуправления Вологодской области от 21 февраля 2001 года №10 "О флаге Верховажского муниципального района" и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 710.

Описание флага: "Флаг Верховажского муниципального района представляет собой зеленое полотнище с отношением ширины к длине 2 x 3, несущее изображение фигур герба района в упрощенной версии".
Символика флага: за основу флага Верховажского муниципального района взят современный герб Верховажского муниципального района, составленный и употребляемый в соответствии с правилами геральдики, описание которого гласит: "В зеленом поле - лазоревая (голубая, синяя) тонко окаймленная серебром волнообразная перевязь, сопровождаемая вверху золотым токующим глухарем, внизу - золотыми пшеничным снопом и поверх него - кадуцием".
Зеленый фон флага означает надежду, радость и изобилие.
Желтый (золотой) - символ прочности, величия, интеллекта, великодушия.
Синий - символ чести, славы, преданности, истины, красоты и добродетели.
Автор флага: Олег Свириденко (г. Вологда)

Использованы материалы статьи О.Свириденко в газете "Русский север" (текст предоставлен Владимиром Марковым, Санкт-Петербург).
Использовано изображение флага на сайте http://www.cultinfo.ru/pasport/region/

В 2022 году Верховажский муниципальный район был преобразован в Верховажский муниципальный округ. Существующие символы закреплены за муниципальным округом Решением Представительного Собрания Верховажского муниципального округа от 20 октября 2022 года № 17 "Об утверждении Положений о гербе и флаге Верховажского муниципального округа Вологодской области". Описание флага не изменилось.

Материалы официального сайта Верховажского МО