Муниципальное образование в пределах Ярославского района называлось до 2005 года "Ярославский муниципальный округ", в 2005-2024 гг - "Ярославский муниципальный район", с 2024 года - вновь "Ярославский муниципальный округ".

Флаг Ярославского муниципального округа Ярославской области утвержден Решением № 60 Собрания представителей Ярославского муниципального округа от 20 декабря 2002 года "О флаге Ярославского района". Описание флага:

"Прямоугольное белое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с зеленой полосой вдоль нижнего края в 1/6 ширины и несущее в центре изображение фигур из герба Ярославского муниципального округа - волнистый голубой столб и два черных противостоящих медведя, из которых правый держит на правом, а левый на левом плече по золотой секире, тогда как свободные лапы их подняты".

Информация любезно предоставлена Ю.Коржиком (г.Воронеж, СГР)

Флаг Ярославского муниципального округа внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 1152.

В ходе муниципальной реформы округ преобразован в Ярославский муниципальный район.

Решением Собрания представителей Ярославского МР от 20 октября 2005 года № 98 "О внесении изменений в решение Собрания представителей ЯМО от 20.12.2002 года № 60 "О флаге Ярославского района" в решение 2002 года внесены поправки в соответствии с новым муниципальным статусом. Но сам флаг не изменился.

3.1. Описание флага Ярославского муниципального района:
Флаг Ярославского муниципального района представляет собой белое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с зелёной полосой вдоль нижнего края в 1/6 ширины и несущее в центре изображение фигур из герба Ярославского района — волнистую голубую вертикальную полосу и двух чёрных противостоящих медведей, из которых более близкий к древку держит на правом, а другой — на левом плече по жёлтой секире, тогда как их свободные лапы подняты.
Обоснование символики:
Два медведя, приветствующие друг друга, аллегорически показывают город Ярославль и Ярославский район, жизнь которых неразрывно связана исторически, территориально, экономически и духовно.
Чёрный цвет в геральдике — символ благоразумия, строгости, торжественности и вечности.
Голубой волнистый столб показывает великую русскую реку Волгу, на берегах которой расположен район.
Голубой цвет в геральдике — символ чести, красоты и добродетели.
Белый (серебро) в геральдике — символ простоты, совершенства, мудрости, благородства, мира и взаимосотрудничества.
Жёлтый (золото) в геральдике — символ высшей ценности, прочности, силы, великодушия и солнечного света.
Зелёная оконечность отражает красивую природу района и его сельское хозяйство. Зелёный цвет — символ плодородия, надежды, жизни и здоровья.
Авторская группа:
Идея флага: Константин Моченов (г. Химки).
Художник: Роберт Маланичев (г. Москва).
Компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва).

По информации В. Пермякова

Решением Муниципального совета Ярославского МР от 29 августа 2019 года № 35 "Об официальных символах – гербе и флаге – Ярославского муниципального района Ярославской области" утверждено новое Положение о гербе и флаге.

Флаг района представляет собой полотнище, ширина и длина которого соотносятся как 2:3 и на всю поверхность которого распространена композиция из гербового щита района с заменой геральдического золота желтым цветом, а геральдического серебра - белым.
Оборотная сторона флага является зеркальным отображением его лицевой стороны.

Рисунок флага в этом решении выполнен другим художником, но фактически флаг остался прежним. Обоснование символики и упоминание об авторах из документа удалены.

Текст документа прислан В. Пермяковым.